2018年1月，甘肃省政府做出调整祁连山保护区管理体制的决定，原属地方管理的22个林场（保护站）整体上划甘肃省林业和草原局，由甘肃祁连山国家级自然保护区管理局全面管理。保护区管理局现有15个职能科室、22个自然保护站，下辖172个资源管护站，共有事业编制1326名，企业编制71名。2019年5月，大熊猫祁连山国家公园甘肃省管理局张掖分局挂牌成立，标志着祁连山国家公园体制试点工作步入新的建设阶段，必将对祁连山生态保护与修复、筑牢西北生态安全屏障提供坚强的组织保障。

建区以来，通过建立森林“三防”体系，落实“双线四级”综合目标管理责任制，先后组织实施祁连山保护区基础设施建设、森林防火通讯组网、重点火险区综合治理、保护区基层保护站点危旧房改造、祁连山水源涵养林及生物多样性保护工程、国家天然林资源保护等多个国家重点工程项目。在基础建设方面：管理局建成办公楼、科研宣教综合楼和保护区展览馆，22个自然保护站中有16个建成办公住宿一体化综合楼，172个资源管护站有85个翻建了管护站站部；在森林草原防火方面：建成森林防火视频监控塔53座，装备巡护监测设备4000多台（件），配备森林消防指挥车12辆，森林草原防火运兵车22辆，修建森林防火检查站49个、消防物资库23座，储备森林防火器材5万多件；在信息化方面：建成并投入运行“智慧祁连山大数据应用平台”，将三级协同办公系统、森林草原防火视频监控系统、卫星遥感监测系统、PDA智能巡护监管系统、地面安防监控系统、“三线五级”生态定位监测系统、林业有害生物防治预警监测系统融入统一平台，提高了保护管理的现代化水平。