2017年12月，省人大修订颁布了《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》，依法确定保护区和各级地方政府及主管部门的职责。2017年9月，祁连山林区法院在张掖挂牌成立。2018年10月，祁连山林区检察院在张掖挂牌成立。2019年1月开始，甘肃森林公安局祁连山分局对保护区18个森林派出所实行垂直管理，保护区22个自然保护站全面开展林业行政执法。保护区管理局与公安、检察、法院等司法机关密切配合，严厉打击保护区内各类破坏自然资源和环境资源的违法行为，有效维护了保护区生态环境和资源安全。